На базе Тюменского филиала Северо-Уральской бассейновой инспекции в соответствии с Постановлением Совета Министров РСФСР от 11.11.1973г. № 569, приказом Министерства мелиорации и водного хозяйства РСФСР от 24.12.1975г. № 650-пр было образовано Нижне-Обское бассейновое (территориальное) управление по регулированию использования и охране вод, начавшее функционировать с 09.12.1974г.

В состав управления от Северо-Уральского бассейнового управления были переданы Тюменская, Сургутская, Салехардская гидрохимлаборатории, от Верхне-Обского бассейнового управления - Омская гидрохимлаборатория.

Далее в 1975г создаются Ханты-Мансийская , в 1976г. – Надымская , в 1980г – Нижневартовская и в 1981г. – Тазовская гидрохимлаборатории.

Перед управлением были поставлены задачи по организации рационального использования поверхностных и подземных водных объектов, охрана их от истощения и загрязнения. Управление осуществляло государственный надзор за использованием водных объектов, вело учет водопотребления и водоотведения, осуществляло лабораторный контроль за качеством воды.

В период с 1988г. по 2004г. управление пережило не одну реорганизацию.

Приказом Минводхоза РСФСР от 30 декабря 1988г. № 509-пр Нижне-Обское бассейновое (территориальное) управление по регулированию использования и охране вод реорганизовано в Нижне-Обское бассейновое водохозяйственное объединение.

16 декабря 1993г. приказом Роскомвода Российской Федерации № 169 Нижне-Обское бассейновое водохозяйственное объединение переименовано в Нижне-Обское бассейновое водохозяйственное управление, а 14 января 2000г. приказом Министерства природных ресурсов Российской Федерации № 4 Нижне-Обское бассейновое водохозяйственное управление преобразовано в Нижне-Обское бассейновое водное управление.

Приказом Министерства природных ресурсов Российской Федерации от 13 августа 2004г. № 611 Нижне-Обское бассейновое водное управление переподчинено от МПР России Федеральному агентству водных ресурсов.

С августа 2004г. управление является территориальным органом Федерального агентства водных ресурсов межрегионального уровня и осуществляет функции по оказанию государственных услуг в сфере водных ресурсов, в бассейне реки Оби, на территории Тюменской, Омской, Курганской, Свердловской и Челябинской областей, а также Ямало-Ненецкого и Ханты-Мансийского автономных округов.